La historia de esta pequeña comuna rural se remonta a las primeras expediciones que se realizaron en 1804, y que buscaban encontrar rutas más seguras hacia Argentina. Pero no fue hasta 1864, que San Fabián comenzó a tomar forma.
En la historia se registra como fecha de fundación el 07 de diciembre de 1886, para aquel entonces San Fabián ya contaba con una avenida principal, plaza, colegio y parroquia.
Finalmente en 1902, se confiere el título de villa, a través de un decreto supremo firmado por el Presidente de la época.
Su población es principalmente rural y su principales actividades económicas son la agrícola, ganadera y forestal. Sus paisajes y bosque nativo permiten el desarrollo de actividades turísticas, aunque todavía en forma incipiente.
En la localidad de San Fabián de Alico nació el destacado poeta Nicanor Parra.